Szymaniak pracę w gdańskim muzeum rozpoczął w 2017 roku, wcześniej pracował delegaturze Instytutu Pamięci Narodowej w Bydgoszczy. W sposób szczególny był zaangażowany w promowanie wydarzeń Bydgoskiego Października 1956 roku, w trakcie których rozwścieczony tłum bydgoszczan uciskiem spalił na Wzgórzu Dąbrowskiego zagłuszarkę Radia Wolna Europa. Marek Szymaniak angażował się w obchody 60 rocznicy, które w 2016 roku wpisały się jednocześnie w polsko-węgierskie obchody wydarzeń z 1956 roku. W 2017 roku Szymaniak jako pracownik IPN był też kluczowym świadkiem w procesie rehabilitacji uczestników spalenia zagłuszarki, którzy dopiero po blisko 61 latach zostali uniewinieni. Wspierał także oddolną inicjatywę utworzenia w Bydgoszczy pomnika Żołnierzy Wyklętych, która nie została jeszcze zrealizowana.

W Muzeum II Wojny Światowej Szymaniak od 2017 roku pełnił obowiązki kierownika Działu Naukowego, po reorganizacji od 2019 roku kierownika Działu Naukowo-Edukacyjnego.