Do tej pory była to szkoła prowadzona przez Powiat Nakielski, od dłuższego czasu padały głosy, że jest ona kosztowana dla tego samorządu, z uwagi na zbyt niską subwencję oświatową, wskazywano też, iż przejście pod skrzydła Ministerstwa Infrastruktury da szkole większe perspektywy rozwojowe.

Temat zmiany organu prowadzącego nakielskiej szkoły pojawił się chociażby w 2019 roku na wyjazdowym posiedzeniu sejmowej Komisji Infrastruktury, która obradowała w Nakle nad Notecią. W lutym 2022 roku Rada Powiatu podjęła uchwałę, w której wyraża zgodę na przejęcie szkoły przez Ministerstwo Infrastruktury. Ten zamiar dzisiaj się iści.

- Podpisane dziś porozumienie w sprawie przejęcia Zespołu Szkół Żeglugi Śródlądowej w Nakle nad Notecią przez Ministerstwo Infrastruktury pozwoli zacieśnić współpracę ZSŻŚ z pozostałymi szkołami i uczelniami nadzorowanymi przez MI. Dzięki temu poprawimy jakość i warunki nauczania, zwiększymy zainteresowanie nauką w placówce i podniesiemy renomę ZSŻŚ w Nakle w kraju i za granicą – powiedział minister infrastruktury Andrzej Adamczyk.