Wątpliwość co do tego, czy raz powołanego przez premiera komisarza, można później odwołać wynika z tego, że w ustawie nie zapisano takiej możliwości, dlatego niektórzy przyjmują pogląd, że komisarz zyskuje ochronę prawną podobną jak miał prezydent, którego mandat wygasł. O tym, że jest to istotna wątpliwość świadczy skierowanie do Sejmu projektu ustawy, która ma zmienić przepisy w taki sposób, aby zapisać w ustawie możliwość odwołania komisarzy.

Odwołanie komisarza w wątpliwy co do legalności sposób może sprawić, że decyzje nowego komisarza w przyszłości będzie mógł podważyć sąd, a to doprowadzić może do chaosu prawnego w samorządzie.