Historia placówki sięga 1974 roku. W Bydgoszczy będącej ważnym ośrodkiem wojskowym, pojawiła się potrzeba budowy szpitala, który byłby przygotowany do niesienia właściwej pomocy wojskowym i ich rodzinom. Projekt budowy nowego szpitala opracowało Biuro Projektów Budowlanych w Gdyni, który został w 1974 roku zatwierdzony. Uwzględniono w nim wysokie wymogi jakie miała spełniać placówka po ukończeniu jej budowy.

Komendę szpitala z płk. dr med. Henrykiem Woźniakiem, powołał rozkazem z dnia 8 listopada 1984 roku Minister Obrony Narodowej. Jako pierwszy gotowość lecznicą ogłosiła Klinika Chirurgiczna w lipcu 1985 roku. Uroczyste otwarcie Wojskowego Szpitala Klinicznego miało natomiast miejsce 4 października.