Bydgoski szpital poza działalnością typowo lecznicą zajmuje się także badaniami naukowymi i prowadzeniem zajęć dydaktycznych przez Collegium Medicum dla swoich studentów. Sytuacja finansowa Szpitala Uniwersyteckiego jest dość trudna, o czym świadczą protesty związkowców, w związku z przekazaniem części pracowników do zewnętrznej firmy.

NIK stwierdza, że szpital zgodnie z ustawą nie rozliczał się z Uniwersytetem Mikołaja Kopernika w Toruniu co miesiąc, z tytułu kosztów prowadzenia zajęć dydaktycznych. Należności te rozliczano na podstawie jednej faktury zbiorczej za cały rok akademicki.

Według NIK: Otrzymywanie zaliczkowych miesięcznych płatności mogło przyczynić się do terminowego regulowania zobowiązań Szpitala.

Bydgoski szpital wówczas nie miałby naliczanych odsetek i kosztów egzekucyjnych za nieuregulowane w terminie zobowiązania finansowe.

NIK zarzuca Szpitalowi Uniwersyteckiemu nieprzeprowadzanie konkursów na ordynatorów klinik.

Należy zaznaczyć, że dyrektor szpitala jest zatwierdzany przez rektora UMK i senat tej uczelni.