Do II ligi Unia Janikowo awansowała w 2006 roku, po sezonie spadła jednak do III ligi, ale po roku wróciła, kolejne sezonu to miejsca w połowie tabeli, w 2010 roku Unia znowu spadła do III ligi, później zamiast powrotu był jednak dalszy spadek do IV ligi. Po wycofaniu rozgrywek od 2013 roku klub rozpoczynał od nowa od B kasy (8 klasa rozgrywkowa), udało się wrócić do III ligi, były plany walki ponownie o II ligę. Ostatnio jednak nie szło, bowiem klub po rundzie jesiennej zajął przedostatnie miejsce z realną groźbą spadku do IV ligi.

Ekonomia bezlitosna

O problemach Unii pisaliśmy niedawno za sprawą kontroli Regionalnej Izby Obrachunkowej, która zarzuciła burmistrzowi Janikowa przekazywanie zawyżonych dotacji (kwoty stosunkowo niewielkie) klubowi piłkarskiemu, a także nieściągnięcie 414 tys. zł długu.

Jak się okazuje te kwestie to jednak tylko wierzchołek góry lodowej z jakimi boryka się finansowo Unia. Klub chciał awansować, dlatego sprowadził piłkarzy: Wojciecha Pawłowskiego, Raúla Alemána, Denzela Gómeza. Wywołało to jednak tylko większe długi, FIFA zobligowała klub, aby obu obcokrajowcom oddać 170 tys. zł Dług klubu szacuje się na ok. 0,5 mln euro.

Zarząd w tej sytuacji zdecydował się o wycofaniu z rozgrywek. Na dzisiaj nikt nie spekuluje, czy jesienią przystąpi do rozgrywek V ligi.