Profesor Śleszyński wskazuje na to, że Bydgoszcz i Toruń nie tworzą zintegrowanego obszaru.  Główną przeszkodą  staje się obszar chroniony Puszczy Bydgoskiej Natura 2000.

Także prowadzone w ostatnim czasie inwestycje w Toruniu, w tym Sala Koncertowa, które dublują funkcję bydgoskich instytucji, prowadzą do tego, że bydgoski i toruński obszar stają się coraz bardziej odrębne.

Ponadto PAN zauważa, że  Bydgoski Obszar Funkcjonalny ma tendencję rozrostu  kierunku zachodnim i południowym. W najmniejszym stopniu ten rozrost odbywa się jednak już w kierunku wschodnim.

W ostatnim czasie PAN rozpoczęło oficjalną współpracę z Ministerstwem Rozwoju Regionalnego, które opracowało Koncepcje Przestrzennego Zagospodarowania Kraju 2030. Zatem daje to szanse, że efekty pracy naukowców z Polskiej Akademii Nauk zostaną uwzględnione w KPZK.

Stowarzyszenie Metropolia Bydgoska postuluje do MRR, aby do Bydgoskiego Obszaru Metropolitarnego dopisać powiat nakielski.