Odwołania do decyzji Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska z lutego 2020 roku dotyczyły głównie kwestii ekologicznych, w tym zbyt dużej ingerencji w Puszczę Bydgoską. Część organizacji składających odwołania wnioskowała o zmianę wariantu, dominował tutaj postulat rozbudowania obecnej drogi krajowej nr 10 do standardu 2x2.

Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska uwzględnił część postulatów, podtrzymał jednak co do zasady decyzję środowiskową wydaną przez RDOŚ, tym także został utrzymany wariant zakładający przebieg od węzła Emilianowo (przy Bydgoskim Parku Przemyslowo-Technologicznym) do Torunia na południe od przebiegu drogi krajowej nr 10. GDOŚ stwierdził, że trzymanie się ścieżki drogi krajowej nr 10 wiązałoby się z wyburzeniami budynków, bowiem przebiega ona blisko obszarów zabudowanych oraz uciążliwościami dla mieszkańców związanymi z bliskim sąsiedztwem drogi szybkiego ruchu.

GDOŚ uwzględniając argumenty ekologiczne skorygował decyzje środowiskową nakazując tworzenie kompensat za zniszczone siedliska w postaci stworzenia mikrosiedlisk Konieczne będzie także zastosowanie takiej technologii ekranów akustycznych, aby zminimalizować ich wpływ na śmiertelność ptaków. Ponadto GDOŚ nakazał stworzenie większej liczby przejść przez drogę na potrzebę migracji zwierząt.

Decyzja została zatem zaostrzona w kwestiach środowiskowych, utrzymano jednak wariant przebiegu o który zabiegała Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad.