W poprzedniej wersji projektu polityka terytorialna opierała się głównie o na delimitacji bydgosko-toruńskiego obszaru, który miał się zamykać w granicach powiatu bydgoskiego i toruńskiego. Było to wskazanie na obszar ZIT w nowej perspektywie finansowej. Ostatnie zmiany mocno zagadnienie rozbudowały. Na poziomie II i III wyznaczono aż pięć Miejskich Obszarów Funkcjonalnych – Bydgoszczy, Torunia, (oba II poziomu) Inowrocławia, Grudziądza i Włocławka (każde z III poziomu). MOF Bydgoszczy obejmować ma według załącznika graficznego cały obszar zawiązanego Stowarzyszenia Metropolia Bydgoszcz. Do tej pory aktywność tego stowarzyszenia w dokumentach planistycznych województwa była pomijana..

MOF II i III poziomu / źródło: projekt Strategii

MOF Torunia ciągnąć ma się w tej delimitacji po Golub-Dobrzyń na wschodzie i Zakrzewo na południe w powiecie aleksandrowskim. MOF Inowrocławia ograniczyłby się do granic powiatu inowrocławskiego. Gmina Rojewo traktowana jest jako obszar zarówno MOF Bydgoszczy i MOF Inowrocławia.

Bez rozstrzygania o polityce terytorialnej

W poprawionym projekcie nie ma też jednoznacznie zdefiniowanej polityki terytorialnej, w stosunku do wcześniejszych wersji. Wskazuje się bowiem, że nie ma jeszcze określonych założeń polityki terytorialnej dla kraju, stąd też bardziej szczegółowo ten aspekt ma regulować inny dokument, który powstanie później o nazwie ,,Polityka terytorialna województwa kujawsko-pomorskiego”.

Inne poziomy

Najwyższym poziomem ma być Stołeczny Obszar Rozwojowy (SOR) obejmujący obszary powiatów bydgoskiego i toruńskiego. Poziomem IV byłyby to obszaru powiatowe dla każdego powiatu.