Kontrolą objęte są określone przepisami prawa procedury podejmowania i realizacji decyzji w przedmiocie wsparcia finansowego udzielanego przez urzędy marszałkowskie w ramach wybranych programów operacyjnych na lata 2007-2013. Łączna suma środków zaangażowanych w 16 programów regionalnych w tych latach wyniosła 17,3 mld euro – informuje CBA - Szczególnemu badaniu CBA będą podlegać programy, w których beneficjentami są same urzędy marszałkowskie. Konkretnie CBA chodzi o te wielkie pieniądze z programów unijnych, które urząd marszałkowski przyznawał sam sobie, sam je realizował i później sam rozliczał. Kontrole CBA obejmują m.in. przestrzeganie prawa zamówień publicznych, zasad konkurencyjności, dotrzymywanie harmonogramu realizacji projektu, weryfikację zmian w projekcie, poprawność dokonywania płatności, osiąganie wskaźników (czyli rezultatu i produktu) zadeklarowanych we wniosku o dofinansowanie czy weryfikację przedstawianych do refundacji kosztów kwalifikujących się do objęcia wsparciem unijnym. Kompleksowe i systemowe działania kontrolne CBA obejmą także osoby odpowiedzialne za podejmowanie decyzji w instytucjach uczestniczących we wdrażaniu programu operacyjnego- od etapu samego podjęcie decyzji o dofinansowaniu projektu do weryfikacji wniosku o płatność.