Budowa fary prowadzona była w latach 1784-1787, czyli kilka lat po włączeniu Bydgoszczy do Prus. Zresztą jej budowa wynikała wprost z dekretu króla Prus Fryderyka II. Niemiecki plan kolonizacji ludnościowej Bydgoszczy opierał m.in. na promowaniu wyznań protestanckich, w tym luteranizmu. Konsekracja świątyni miała miejsce 21 stycznia 1787 roku, była to uroczystość nie tylko religijna, ale miała także charakter państwowy.

Obiekt był najprawdopodobniej fuszerką, bowiem już w 1829 roku przeszedł gruntowny remont z uwagi na zagrożenie zawaleniem. Po kolejnych przebudowach budynek służył celom sakralnym, na początku XX wieku ponownie rozgorzały dyskusję o jego stanie technicznym, jednocześnie szukano przebicia do dzisiejszego Placu Kościeleckich, co doprowadziło do powstania dzisiejszej ulicy Magdzińskiego, jednocześnie fara protestancka została rozebrana w 1903 roku. Rok później rozpoczęła się budowa hali targowej.