O tym, że podwyżka cen biletów jest poważnie brana pod uwagę świadczą już wypowiedzi marszałka województwa Piotra Całbeckiego z kwietniowej sesji Sejmiku Województwa, na której przyznał, że najprawdopodobniej ceny będą podniesione.

Z wyjaśnień Kancelarii Premiera wynika, że spółka Polregio, której większościowym udziałowcem jest Skarb Państwa za pośrednictwem Agencji Rozwoju Przemysłu (mniejszościowe udziały mają województwa) planuje podwyżkę cen biletów na poziomie przynajmniej 17% oraz oczekuje, że samorządy wojewódzkie za przewozy zapłacą wyższe stawki niż wynika to z umów. W przypadku biletu z Bydgoszczy do Torunia czy Inowrocławia, 17% podwyżki to około 2 zł więcej za przejazd.

Agencja Rozwoju Przemysłu wyklucza sfinansowanie podwyżek wynagrodzeń dla kolejarzy z budżetu państwa, bowiem istnieje poważne ryzyko, że Komisja Europejska może uznać to za niedozwoloną pomoc publiczną, wówczas istniałoby ryzyko zwrotu pomocy publicznej na restrukturyzację spółki z 2015 roku, co w praktyce oznaczałoby dla Polregio bankructwo.