Uchwała Zarządu Województwa ustala trzy obszary funkcjonalne o znaczeniu podregionalnym, w tym najistotniejszy - Miejski obszar funkcjonalny ośrodków wojewódzkich – Bydgoszczy i Torunia. Pozostałe dwa obszary dotyczą terenów wiejskich oraz rezerwatu światowej biosfery w Borach Tucholskich.

Granice miejskiego obszaru funkcjonalnego pokrywają się całkowicie z granicami ZIT, stąd też jego rozpiętość sięga od gminy Nakło nad Notecią po Czernikowo na wschód od Torunia. W praktyce mamy zatem do czynienia z kolejnym etapem odgórnego narzucania powiązań metropolitalnych Bydgoszczy i Toruniowi.

Przeciwko takim rozstrzygnięciom protestował Urząd Miasta Bydgoszczy, który wyjaśniał w komunikacie - Błędem jest wyznaczenie go w takim kształcie w jakim funkcjonuje ZIT i że w planie zagospodarowania przestrzennego województwa powinny być określone dwa oddzielne miejskie obszary funkcjonalne ośrodków wojewódzkich. Polityka województwa od lat prowadzi do tego, że oba stołeczne miasta wypełniają odrębnie wszystkie funkcje miejskie dla swoich mieszkańców oraz dla mieszkańców okolicznych gmin, o czym bardzo dobitnie świadczą choćby wyniki analizy dojazdów do pracy do miast rdzeniowych z gmin bydgoskiego i toruńskiego obszaru funkcjonalnego. Należy również podkreślić, że w ekspertyzie przygotowanej na zlecenie Ministerstwa Rozwoju Regionalnego przez prof. Przemysława Śleszyńskiego, w województwie kujawsko-pomorskim wskazane zostały dwa oddzielne obszary funkcjonalne: Bydgoski Obszar Funkcjonalny i Toruński Obszar Funkcjonalny