Główny zarzut stowarzyszenia dotyczy planu utworzenia w Toruniu Wojewódzkiego Zarządu Transportu, który w ich opinii naturalnie powinien mieścić się w Bydgoszczy. Przemawiać ma za tym większa liczba specjalistycznych kadr w dziedzinie transportu, co ma związek z funkcjonowaniem w Bydgoszczy uczelni zajmujących się badaniami nad transportem i logistyką.

Metropolia Bydgoska stawia także zarzut, że ten plan transportowy jest niezgodny ze strategicznymi europejskimi i krajowymi dokumentami, które mówią o potrzebie rozwijania transportu kolei. Plan transportowy dla naszego województwa mówi natomiast o zamykaniu połączeń kolejowych.

W opinii Mikołaja Głuszkowskiego stawianie głównie na transport autobusowy sprawi, że bardziej eksploatowane przez ciężkie pojazdy będą drogi publiczne, a co za tym idzie, będą szybciej ulegać zniszczeniu, co wiązać się będzie z dodatkowymi kosztami.

- Wystarczy spojrzeć na stan niektórych zatoczek autobusowych, gdzie stają głównie autobusy – wyjaśniał Głuszkowski. W jego opinii powinniśmy wykorzystać pozostałą po okresie zaborów siatkę połączeń kolejowych i rozwijać tę bardziej ekologiczną formę transportu.