Decyzję odmowną dla planowanej inwestycji prezydent Rafał Bruski wydał w grudniu 2021 roku, w uzasadnieniu oparł się głównie na stanowisku Miejskiej Pracowni Urbanistycznej, która wskazywała, że dochodzi do konfliktu z planami miejscowymi. Inwestor zaskarżył tę decyzję do Samorządowego Kolegium Odwoławczego, czyli organu między samorządem i sądem. W maju SKO uznała, że decyzja prezydenta zawiera wady prawne, dlatego decyzję ratusza uchyliła, nakazując ponowne rozpatrzenie sprawy. Dokładniej SKO uznało, że prezydent oparł się w dużej mierze na stanowisku MPU, lekceważąc opinie Wydziału Zintegrowanego Rozwoju i Ochrony Środowiska oraz Wydziału Administracji Budowlanej. Wyjaśniając to bardziej prosto – według SKO prezydent oparł się w swojej decyzji na wybiórczym materiale dowodowym.

Organizacja ekologiczna Towarzystwo na rzecz Ziemi z siedzibą w Oświęcimiu postanowiło zaskarżyć decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, co nastąpiło w czerwcu 2022 roku. Towarzystwo wskazało - Prezydent Bydgoszczy prawidłowo ocenił przesłanki rozstrzygnięcia w przedmiocie niniejszej sprawy odmawiając wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach dla przedsięwzięcia polegającego na budowie linii do termicznego przekształcania odpadów niebezpiecznych w Bydgoszczy.

WSA wyrok w tej sprawie wydał 24 stycznia, który uznał, że Samorządowa Izba Odwoławcza podważyła decyzję prezydenta Bydgoszczy opierając się na wadliwych podstawach prawnych. Tym samym WSA zdecydował o utrzymaniu w obiegu prawnym decyzji odmownej prezydenta wobec inwestycji, uchylając decyzję SKO. Nie jest to jeszcze wyrok prawomocny, inwestor może złożyć skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Praktyka NSA pokazuje, że na rozstrzygnięcie sprawy czeka się przeszło rok, stąd też styczniowa decyzja WSA na pewno wpłynie na opóźnienie realizacji inwestycji, a jeżeli NSA zgodzi się z WSA może wręcz ją całkowicie zablokować.