Zdaniem Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) nie ma dowodów, aby bakterie koronawirusa mogły egzystować w wodzie pitnej. MWiK informuje natomiast, że bydgoski system wodociągowy jest przygotowany nawet na sytuację zanieczyszczenia rzeki. Ujęcie w Lesie Gdańskim przeprowadza dezynfekcje przy pomocy promieni UV, które bez problemu unieszkodliwiają wirus COVID-19.

Natomiast prowadzona przy ujęciu na Czyżkówku infiltracja gwarantuje usunięcie zanieczyszczeń biologicznych i fizykochemicznych, co pozwala na dostarczanie wody mieszkańcom nawet przez okres 6 tygodniu w przypadku zanieczyszczenia rzeki.

Woda z ujęć jest poddawana również chemicznie procesowi ozonowania.