Polonia jest obecnie dużym problem dla władz miasta. Klub kosztuje rocznie podatników kilka milionów złotych, a na dodatek nienajlepiej wygląda kwestia zarządzania nim. Konflikty pomiędzy działaczami nominowanymi przez ratusz oraz z kibicami są dość powszechne. Nie sprzyja to budowaniu sportowej marki, co przekłada się na słabą frekwencje na trybunach.  

Niedawno pojawił się także konflikt na linii ratusz – sponsor tytularny, co zakończyło się wycofaniem firmy Składy Węgla ze sponsorowania klubu.

Lekarstwem miała być prywatyzacja klubu, póki co jednak jedyny zainteresowany przejęciem klubu podmiot, nie spełnił wymogów ratusza.

Dziś, Prezydent zwrócił się do Rady Nadzorczej z prośbą o przedłożenie informacji na temat zamierzeń w zakresie skutecznego wyłonienia i powołania nowego Prezesa Klubu Polonia Bydgoszcz S.A. – informuje nas ratusz.