W kwestii infrastruktury negatywnie oceniono zarówno kwestie transportu drogowego, głównie z powodu braku szybkich połączeń Bydgoskiego Obszaru Funkcjonalnego z autostrada. Z podobną oceną spotkał się transport kolejowy, lotnicy i kwestia dróg rowerowych.

Drogi

Zespół zajmujący się planistyką i transportem Bydgoskiego Obszaru Funkcjonalnego postuluje o budowę drogi ekspresowej S-5, budowę południowo-wschodniej obwodnicy Bydgoszczy, rozbudowę drogi krajowej nr 25 do Inowrocławia, która po przez obwodnicę omijała by Nową Wieś i Złotniki Kujawskie oraz rozbudowę drogi wojewódzkiej nr 223 na odcinku w Białych Błotach.

Pojawia się także postulat modernizacji drogi wojewódzkiej nr 246 z Dąbrowy Biskupiej, przez Złotniki Kujawskie, Łabiszyn i Szubin do Nakła.

Koleje

Natomiast w kwestii transportu kolejowego postuluje się o rewitalizację linii kolejowej nr 18 w kierunku Solca Kujawskiego oraz linii nr 356 do Kcyni przez Szubin.

Rower

Zdaniem zespołu ważny jest także rozwój infrastruktury rowerowe. Tutaj planuje się takie inwestycje jak budowa porządnej drogi rowerowej do Nakła wzdłuż Kanału Bydgoskiego i Noteci. Ścieżka rowerowa wzdłuż ulicy Toruńskiej do Solca Kujawskiego, droga rowerowa Koronowo-Osielsko, Koronowo Sicienko, Koronowo- Karolewo oraz Bydgoszcz – Koronowo wzdłuż nieistniejącej kolei wąskotorowej.

Planuje się także powstanie drogi rowerowej w powiecie nakielskim: Szubin- Paterek – Nakło.

O tym jakie postulaty Bydgoskiego Obszaru Funkcjonalnego zostaną uwzględnione w strategii rozwoju województwa, zdecyduje Zarząd Województwa wraz z sejmikiem.