NIK stwierdza, że przygotowane w 2016 roku założenia inwestycyjne do 2030 roku nie były poprzedzone inwentaryzacją stanu technicznego dróg wodnych. Za priorytet w 2016 roku uznano opracowanie analityczno-programowych koncepcji modernizacji dróg wodnych E-30 (Odra) i E-40 (Wisla). Jak wskazuje jednak Izba, pierwsza koncepcja będzie gotowa dopiero w przyszłym roku, natomiast jeżeli chodzi o najbardziej interesującą nas drogę wodną E-40, nie można na dzisiaj wskazać terminu uzyskania takiego opracowania - mimo upływu ponad trzech lat od uchwalenia Założeń przez Radę Ministrów, nie zakończono jeszcze prac nad tymi programami – wskazuje NIK - Dotychczas nie ustalono planowanego terminu przygotowania programu dotyczącego drogi wodnej rzeki Wisły wraz z prognozą oddziaływania na środowisko.

Najwyższa Izba Kontroli zauważa również, że nie udało się stworzyć nadal systemu finansowania inwestycji na drogach wodnych w Polsce. Głównym źródłem finansowania miał być Fundusz Rozwoju Śródlądowych Dróg Wodnych, którego nie udało się jednak wdrożyć.

Pierwotna koncepcja zakładała w 2019 roku inwestycje (głównie w stopnie wodne) o wartości 8,9 mld zł, faktycznie wydatkowano nieco ponad 1,6 mld zł.

Jedną z przyczyn opóźnień zdaniem NIK jest:
W okresie objętym kontrolą przez dwa lata (2016–2017) Minister GMiŻŚ nie posiadał uprawnień do sprawowania nadzoru nad jednostkami (RZGW), którym przypisane były zadania w zakresie budowy oraz modernizacji śród-lądowych dróg wodnych. Takie uprawnienia otrzymał dopiero od stycznia 2018 r.

W naszym województwie istotna wydaje się też kwestia poprowadzenia drogi wodnej E-70, łączącej Wisłę z Odrą, której istotnym elementem był do tej pory Kanał Bydgoski. Uzyskanie zawartych w konwencji AGN wymogów IV klasy żeglowności wymagałoby budowy zupełnie nowego kanału. Tego aspektu NIK nawet nie objął, z uwagi na duże opóźnienia w realizacji dróg wodnych E-30 i E-40.