Pracami RDS oraz wojewódzkich rad kierują rotacyjnie przedstawiciele poszczególnych stron – w przypadku, gdy przypada kolej związków zawodowych lub związków pracodawców, to na czele stoi organizacja której przypada kolej. Obecnie Radą Dialogu Społecznego według tej zasady kieruj Pracodawcy RP. Osoba prezydenta tej organizacji Andrzeja Malinowskiego budzi jednak kontrowersje, dlatego NSZZ Solidarność oraz Związek Przedsiębiorców i Pracodawców zawiesił swój udział w pracach RDS, do czasu zakończenia przewodnictwa przez prezydenta Pracodawców RP.

Powód – tygodnik ,,Do Rzeczy” ujawnił, że Andrzej Malinowski był tajnym współpracownikiem służb wywiadowczych o kryptonimie TW Roman. Malinowski tym informacjom zaprzeczał, dlatego autor artykuły złożył do prokuratury zawiadomienie o możliwym sfałszowaniu teczki TW Romana. W lutym prokurator IPN umorzył śledztwo w tej sprawie co zdaniem Solidarności i ZPP ucina wszelkie spekulacje i potwierdza niezbyt chlubną przeszłość prezydenta Pracodawców RP.

- Rada Dialogu Społecznego jest ważną instytucją dialogu trójstronnego w Polsce. Powinna być poza wszelkimi zarzutami i podejrzeniami. Obecna sytuacja jest kompromitująca i podważająca zaufanie do RDS, jako do instytucji. Należy usunąć Malinowskiego, przeprowadzić lustrację i w ten sposób oczyścić atmosferę wokół RDS. Natychmiast wrócimy do Rady, jeśli będziemy mogli tu rozmawiać bez obecności ubeków – powiedział Prezes ZPP, Cezary Kaźmierczak.