Przez kilka sezonów Unia Janikowo była nagradzana przez K-PZPN jako najlepszy klub piłkarski w całym województwie kujawsko-pomorskim. Dzisiaj jednak Unia bardziej niż z piłką kojarzona jest z aferą korupcyjną. Z tego powodu ostatni sezon Unia Janikowo rozpoczęła z 10 punktami ujemnymi, które były dla klubu sportową karą.
Drogę do II ligi Unii Janikowo przyniosło drugie miejsce w grupie 2 III ligi (zaraz za Lechią Gdańsk), a następnie pokonanie w barażach Piasta Gliwice. Tak wysoka pozycja w lidze miała być spowodowana kupowaniem meczy, których liczba sięga kilkudziesięciu. Nie były to bowiem tylko mecze z udziałem Unii Janikowo, ale także rywali tego klubu.
O tym, że korupcja była świadczy fakt, że 10 osób przyznało się dobrowolnie do winy. Na ławie oskarżenia znajduje się między innymi obecny burmistrz Janikowa, który nie przyznaje się do stawianych mu zarzutów, byli sędziowie i obserwatorzy PZPN. Bardzo prawdopodobne, że już niedługo w jednej ze spraw zapadnie wyrok.
