Temat obozu dla Niemców po raz pierwszy poruszony został prawie 15 lat temu. Wtedy to zaangażowani Niemcy wraz z fundacją „Pamięć” wpłynęli na rozpoczęcie prac archeologicznych na obszarze dzisiejszego boiska sportowego przy ul. Poznańskiej.
Obóz „przejściowy” został założony w 1945 w pierwszej połowie roku po wyzwoleniu Kruszwicy. Prowadzony przez Rosjan (to oni też najprawdopodobniej zabrali wszystkie dokumenty w tej sprawie) i NKWD przetrwał do stycznia 1946 roku przez cały czas będąc filią Centralnego Obozu Pracy w Potulicach. Niewykluczone, że wcześniej mógł być zarządzany również przez Milicję Obywatelską.
Przeprowadzone przez Pracownię Archeologiczno-Konserwatorską w Poznaniu w tym Henryka Klundera badania trwały ponad miesiąc i przyniosły odkopanie 867 szkieletów ułożonych w jednej zbiorowej mogile. Wykopaliska wykazały również, że ciała były zakopywane poza terenem obozu. Ludzie w przeważającej większości umarli w sposób naturalny, a wśród szczątków dorosłych mężczyzn znaleziono również szkielety kobiet. Szczątki te jak ustalił Ilustrowany Kurier Polski, zostały przeniesione na Śląsk i spoczęły pod monumentem upamiętniającym śmierć osób narodowości niemieckiej.
Jeszcze w czerwcu 2001 roku śledztwo w tej sprawie rozpoczął Instytut Pamięci Narodowej w Bydgoszczy. Obiektem zainteresowania historyków oraz instytucji było dotarcie do informacji czy na terenie obozu gdzie przetrzymywano niemieckich uchodźców, mogło dojść do aktów ludobójstwa. Do współpracy zaproszono również Urząd Ochrony Państwa oraz niemiecki wymiar sprawiedliwości. W kręgu zainteresowań prowadzonego postępowania konieczne było, aby znaleźć odpowiedzi na dwie kwestie: Jaki wpływ na wyniszczenie Niemców miały minimalne racje żywnościowe przydzielane przez władze obozu oraz dlaczego oddzielano w obozie dzieci od matek. Ten proceder bowiem mieli uprawiać strażnicy i administracja obozowa. Prokuratorem prowadzącym śledztwo z ramienia IPN został wówczas Bernard Miszewski.
Sprawa musiała budzić wątpliwości skoro jeszcze w marcu 2001 roku Maciej Schultz z Instytutu Pamięci Narodowej w Gdańsku zapowiedział, że śledztwo ruszy wtedy, jeśli znalezione materiały dowodowe będą wystarczające do rozpoczęcia postępowania.
Badania prowadzone od marca 2001 roku do czerwca 2001 roku przyniosły analizę dokumentów spływających do IPN oraz świadectw osób, które obóz pamiętały lub posiadały na jego temat wiedzę. Owocne okazały się również dokumenty znalezione w Archiwum Państwowym. Dzięki nim ustalono, że w obozie przebywało jednorazowo około tysiąca osób. Niewykluczone, że więcej szczegółowych informacji mogło znaleźć się również w materiałach UOP. Mowa tu o ściśle tajnych dokumentach tej instytucji.
Jedną z pierwszych osób, które miały zostać przesłuchane przez IPN został Werner Schack mieszkaniec Hamburga , który przez kilkanaście lat dopominał się o prawa rodzin niemieckich do prawdy na terenie obozu w Łagiewnikach. W zawiadomieniu o popełnieniu przestępstw Werner Schack zawarł stwierdzenie, że w obozie w wyniku zbrodni zginęło około 2-3 tysięcy osób.
Do kontrowersji doszło jeszcze latem 2001 roku gdy Naczelnik Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Gdańsku prokurator Maciej Schultz wyjaśnił,że świadek nie stawił się w Delegaturze Instytutu Pamięci Narodowej w Bydgoszczy. Swoją absencję tłumaczył koniecznością szybkiego powrotu do Niemiec. W efekcie przesłuchania świadka w późniejszym terminie dokonać musiała już strona niemiecka.
Kwestią, która podzieliła społeczeństwo oraz stronę niemiecką i polską stał się napis umieszczony na tablicy postawionej nieopodal grobu Powstańców Wielkopolskich. Długotrwałe negocjacje między Wernerem Schackiem, a Parafią pw. św. Apostołów Piotra i Pawła w tym ks. Stanisława Pohla przyniosły ustalenie napisu: „Pamiętamy o członkach naszych rodzin, którzy zmarli w Łagiewnikach i w Kruszwicy. Na zawsze pozostaną w naszej pamięci. Pragniemy się modlić, pracować i żyć by Polacy i Niemcy byli dla siebie braćmi i w zjednoczonej Europie znaleźli wspólną ojczyznę. Niech Bóg nam w tym pomaga".
Strona niemiecka w późniejszym czasie chciała doprowadzić do zmiany zapisu. Zażyczył sobie tego m.in. Werner Schack, który stwierdził, że Niemcy zginęli (a nie umarli w sposób naturalny-przyp.red) w obozie zorganizowanym przez Polaków . Sprawę napisu komentowała prasa, przedstawiając go jako sztukę kompromisu, która w sposób wyważony i dyplomatyczny uczciła pamięć zmarłych Niemców. Zwłaszcza, że rzeczą nieodpowiedzialną zarówno z punktu widzenia prawdy historycznej, jak i bezpieczeństwa państwa jest mówienie o aktach ludobójstwa bez konkretnych materiałów dowodowych i precyzowania źródeł.
W Niemczech sprawę komentowała natomiast Erika Steinbach szefowa niemieckiego Związku Wypędzonych. Krytykowała ona stronę niemiecką za brak zainteresowania sprawą obozu w Łagiewnikach, a jej organizacja planowała zostać stroną w toczącym się śledztwie i zastąpić Wernera Schacka.
Ogromną rolę w wyjaśnianiu przeszłości obozu odegrały zeznania Johanna Eberharta Fredricha von Cube. Była to jedna z osób, która obóz w Łagiewnikach przeżyła, o czym przypomniał jeszcze w 2001 roku redaktor Jacek Kowalski. Von Cube z urodzenia Estończyk w 1945 r został zatrzymany przez Armię Czerwoną i umieszczony w obozie Łagiewniki.
" Więźniowie umierali głównie dlatego, że brakowało odpowiedniej opieki. Warunki higieniczne były nie do opisania i brakowało pomocy lekarskiej. (...) Członkowie polskiej policji byli w przeważającej części lojalni, poza małymi wyjątkami. Ja sam nie widziałem żadnego zabójstwa, jednakże mój zmarły przyjaciel opisał taki wypadek w swoim zeznaniu. Warunki bytowe były niedopuszczalne. Panował tyfus i zapalnie opon mózgowych"- zeznawał von Cube, który miał również przekazać stronie polskiej nazwiska kolejnych świadków w tej sprawie.
Śledztwo w sprawie przestępstw popełnionych w Obozie Pracy w Kruszwicy w latach 1945-1946 na więźniach narodowości niemieckiej, poprzez stworzenie im warunków życia grożących biologicznym wyniszczeniem, między innymi wskutek przyznawania głodowych racji żywnościowych, zmuszania do świadczenia pracy ponad siły, przymusowego odbierania rodzicom dzieci w wieku 1 - 10 lat i umieszczenia ich w oddzielnym obozie po blisko 4 latach pod koniec stycznia 2005 roku zostało umorzone.
W toku śledztwa na podstawie oględzin dokumentów odnalezionych w: Archiwach Państwowych w Bydgoszczy i Inowrocławiu, KWP w Bydgoszczy, Archiwum Akt Nowych i innych oraz zeznań świadków, w tym także przesłuchanych w drodze międzynarodowej pomocy prawnej w Niemczech i w Kanadzie-byłych jego więźniów, ustalono: położenie obozu, stan osobowy załogi, ilość osadzonych oraz panujące w nim warunki bytowe i sposób postępowania z osadzonymi. Potwierdzono dużą śmiertelność więźniów, głównie osób starszych i dzieci, ale równocześnie nie potwierdzono przypadków dokonywania zabójstw więźniów i przymusowego oddzielania dzieci od rodziców. Także w prowadzonym śledztwie nie ujawniono żadnych dowodów, które wskazywałyby na to, że działania funkcjonariuszy organów bezpieczeństwa sprawujących bezpośredni nadzór nad obozem były prowadzone z zamiarem bezpośrednim wyniszczenia ludności niemieckiej. Złe warunki bytowe panujące w obozie były spowodowane głównie trudnościami w aprowizacji i brakiem środków w pierwszych miesiącach po zakończeniu II wojny światowej..