Niemcy na rozkaz gen. Gableza wkroczyli do Bydgoszczy 5 września, miasto było już opuszczone przez wojsko polskie. Jedyna obronę stanowiła Straż Obywatelska na czele której stał radny Konrad Fiedler, ale około godziny 13:00 podpisał akt kapitulacji. Z przekazów wynika, że w przeciwnym wypadku Niemcy grozili zbombardowaniem miasta. Fiedler został aresztowany, a później zamordowany w niewyjaśnionych do dzisiaj okolicznościach. Cieszyć może, że w ubiegłym tygodniu Rada Miasta Bydgoszczy w okolicznościowym apelu w 80. rocznicę wybuchu II wojny światowej oddała również hołd Konradowi Fiedlerowi.

W sobotę 9 września na płycie Starego Rynku w Bydgoszczy doszło do pierwszej publicznej egzekucji na Starym Rynku. Zamordowano wówczas m.in. ks. Stanisława Wiórka, rodzeństwo Hanusiaków (dwójka z nich była nauczycielami). Egzekucja rozpoczęła się w południe. Jak wynika ze sprawozdania mjr. Bremera, tylko tego dnia zastrzelono 400 Polaków. Oficjalnym powodem była tzw. krwawa niedziela, propaganda twierdziła, że 3 i 4 września Polacy dopuścili się do ludobójstwa na Niemcach, w praktyce Niemcy wywołali wówczas dywersje atakując wycofujące się wojska polskie, doszło do walk i ofiar po obu stronach.

Niemiecka propaganda twierdziła, że również w nocy z 9 na 10 września Polacy dopuścili się w mieście zamachów, czym usprawiedliwiali dalsze swoje morderstwa. Na Szwederowie, doszło do łapanki po Mszy Świętej w parafii Matki Boskiej Nieustającej Pomocy, wychodzących mężczyzn wyłapywano, a później rozstrzelano w rowach przeciwlotniczych. Liczbę ofiar tego dnia Niemcy szacowali na ponad 500. Natomiast ponad 2 tys. osób zostało aresztowanych.

Proces eksterminacji trwał przez kolejne tygodnie, mordowano przede wszystkim wszystkich mogących stanowić warstwę przywódczą, szczególnie narażenie byli nauczyciele. Na celowniku niemieckich oprawców znajdowali się też Żydzi.